各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
  　　为了贯彻《国务院办公厅转发科技部等部门关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革意见的通知》(国办发[1999]18号)、《国务院办公厅关于批准国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构转制方案的通知》(国办函[1999]38号)的有关规定，现将国家经贸委管理的10个国家局所属242个科研机构转制后有关税收征收管理问题明确如下:
  　　一、对转制的科研机构，从1999年起至2003年底止，免征技术转让收入的营业税；免征科研开发自用土地的城镇土地使用税；凡符合企业所得税纳税人条件的，从1999年起至2003年底止，5年内免征企业所得税。（此条款已失效或废止）

　　二、转制的科研机构交接后，企业所得税收入归属及征收管理范围，按照《国家税务总局关于企业所得税征收和管理范围的通知》(国税发〔1995〕023号)文件执行。具体明确如下:
  　　(一)科研机构移交给中央各部门、各总公司、各行业协会、总会及其所属企业、事业单位和社会团体的，以及上述企业事业单位举办的国有企业的，其企业所得税由国家税务局负责征收管理，税款缴入中央金库；
  　　(二)科研机构移交给地方各部门、各总公司、各行业协会、总会及其所属企业、事业单位、社会团体的，以及上述企事业单位举办的国有企业的，其企业所得税由地方税务局负责征收管理，税款缴入地方金库；
  　　(三)科研机构移交给集体所有制企业的，其企业所得税由地方税务局负责征收管理，税款缴入地方金库；
  　　(四)科研机构移交给由中央和地方联合与其他企业(包括集体、私营企业)和个人组成的股份制企业、联营企业的，其企业所得税仍按原规定由国家税务局负责征收管理，税款按加入移交企业后中央与地方各自所占比例分别入中央金库、地方金库。
  　　三、科研单位移交前的欠税，应当及时清缴；未能清缴的，应随同本单位的其他债权债务一并移交，并按国务院有关文件要求进行清欠。科研机构移交后，应当及时向原主管税务机关缴销发票、办理注销税务登记和其他有关涉税事项，并在重新办理工商登记后，向主管税务机关重新办理税务登记。