《财政部 国家税务总局关于部分航空运输企业总分机构增值税计算缴纳问题的通知》（财税〔2013〕86号）附件1列明的航空运输企业总分机构，自 2013年8月1日起按本办法计算缴纳增值税；附件2列明的航空运输企业总分机构，自2013年10月1日起按本办法计算缴纳增值税。
《国家税务总局关于发布〈营业税改征增值税试点期间航空运输企业增值税征收管理暂行办法〉的公告》（2013第7号）自2013年10月1日起废止。
特此公告。
航空运输企业增值税征收管理暂行办法
第一条 为规范营业税改征增值税试点期间航空运输企业增值税征收管理，根据《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》（财税〔2013〕74号文件印发）和现行增值税有关规定，制定本办法。
第二条 经财政部和国家税务总局批准，按照《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》计算缴纳增值税的航空运输企业，适用本办法。
第三条 航空运输企业的总机构（以下简称总机构），应当汇总计算总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应纳税额，抵减分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务已缴纳（包括预缴和补缴，下同）的税额后，向主管税务机关申报纳税。
总机构销售货物和提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报纳税。
第四条 总机构汇总的销售额，为总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的销售额。
总机构应当按照增值税现行规定核算汇总的销售额。
第五条 总机构汇总的销项税额，按照本办法第四条规定的销售额和增值税适用税率计算。
第六条 总机构汇总的进项税额，是指总机构及其分支机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，支付或者负担的增值税税额。
总机构和分支机构用于《应税服务范围注释》所列业务之外的进项税额不得汇总。
第七条 分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照销售额和预征率计算应预缴税额，按月向主管税务机关申报纳税，不得抵扣进项税额。计算公式为：
应预缴税额＝销售额×预征率
分支机构销售货物和提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报纳税。
第八条 分支机构应按月将《应税服务范围注释》所列业务的销售额、进项税额和已缴纳税额归集汇总，填写《航空运输企业分支机构传递单》（见附件1），报送主管税务机关签章确认后，于次月10日前传递给总机构。
第九条 总机构的纳税期限为一个季度。
第十条 总机构应当依据《航空运输企业分支机构传递单》，汇总计算当期发生《应税服务范围注释》所列业务的应纳税额，抵减分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务当期已缴纳的税额后，向主管税务机关申报纳税。抵减不完的，可以结转下期继续抵减。计算公式为：
总机构当期汇总应纳税额＝当期汇总销项税额－当期汇总进项税额
总机构当期应补（退）税额＝总机构当期汇总应纳税额－分支机构当期已缴纳税额
第十一条 航空运输企业汇总缴纳的增值税实行年度清算。
第十二条 年度终了后25个工作日内，总机构应当计算分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务年度清算的应纳税额，并向主管税务机关报送《——年度航空运输企业年度清算表》（附件2）。计算公式为：
分支机构年度清算的应纳税额＝（分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的年度销售额÷总机构汇总的年度销售额）×总机构汇总的年度应纳税额
总机构汇总的年度应纳税额，为总机构年度内各季度汇总应纳税额的合计数。
第十三条 年度终了后40个工作日内，总机构主管税务机关应将《——年度航空运输企业年度清算表》逐级报送国家税务总局。
第十四条 分支机构年度清算的应纳税额小于分支机构已预缴税额，且差额较大的，由国家税务总局通知分支机构所在地的省税务机关，在一定时期内暂停分支机构预缴增值税。
分支机构年度清算的应纳税额大于分支机构已预缴税额，差额部分由国家税务总局通知分支机构所在地的省税务机关，在分支机构预缴增值税时一并补缴入库。
第十五条 总机构及其分支机构，一律由主管税务机关认定为增值税一般纳税人。
第十六条 总机构应当在开具增值税专用发票(含货物运输业增值税专用发票)的次月申报期结束前向主管税务机关报税。
总机构及其分支机构取得的增值税扣税凭证，应当按照有关规定到主管税务机关办理认证或者申请稽核比对。
总机构汇总的进项税额，应当在季度终了后的第一个申报期内申报抵扣。
第十七条 主管税务机关应定期或不定期对分支机构纳税情况进行检查。
分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务申报不实的，就地按适用税率全额补征增值税。主管税务机关应将检查情况及结果发函通知总机构主管税务机关。
第十八条 总机构及其分支机构的其他增值税涉税事项，按照现行增值税有关政策执行。
点击下载:附件：1.航空运输企业分支机构传递单 2.——年度航空运输企业年度清算表
附：国家税务总局关于《航空运输企业增值税征收管理暂行办法的公告》的解读
一、制定《办法》的背景
上海、北京等地区试点以来，为解决国航、东航、南航等航空运输企业营改增期间增值税缴纳问题，税务总局和财政部以财税字文件下发了《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》和《关于部分航空公司执行总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法的通知》，同时税务总局还以公告的形式下发了税收征管方面的《营业税改征增值税试点期间航空运输企业增值税征收管理暂行办法》。上述三个文件互相配套，满足了航空运输企业总分机构缴纳增值税的政策和征管需要。文件的核心内容，是允许总机构汇总计算企业集团的应交增值税，抵减分支机构已经缴纳的增值税和营业税后申报入库。
2013年8月1日“营改增”试点在全国推行后，航空运输企业在各地的分支机构均纳入了试点范围，非试点地区分支机构缴纳营业税等问题已不存在，原有的政策和征管文件均需要修订后重新下发。此外，此次纳入试点的地区中，还有海航、川航、山航等航空运输企业也面临总分机构分离、需要汇总纳税的问题。
鉴于以上情况，11月1日，部局两家联合印发了《财政部 国家税务总局关于重新印发〈总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法〉的通知》（财税[2013]74号）和《财政部 国家税务总局关于部分航空运输企业总分机构增值税计算缴纳问题的通知》（财税[2013]86号）。作为征管配套文件，《国家税务总局关于发布〈航空运输企业增值税征收管理暂行办法〉的公告》应进行了相应修订。
二、《办法》的适用范围
本《办法》适用于经财政部和国家税务总局批准，按照《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》计算缴纳增值税的航空运输企业。
三、《办法》的主要内容
除了对航空运输企业增值税计算缴纳问题进行细化之外，《办法》主要明确了总分机构一般纳税人认定、分支机构税款缴纳情况如何传递、总分机构纳税期限、年终清算办法以及风险防控等具体税收征管问题。